La col·lecció de recursos pedagògics de la Biblioteca Virtual del Patrimoni Bibliogràfic reuneix tractats que justifiquen teories pedagògiques i pràctiques docents, així com materials com ara làmines, diapositives, cartilles, manuals, etc., que han servit, i en molts casos continuen servint, per a l'aprenentatge i l'educació. Tot això constitueix la memòria educativa de moltes generacions, així com una font valuosa per a la història de l'educació a Espanya i un conjunt de recursos educatius a disposició d'alumnes i mestres.
Gran part d'aquests fons provenen de les digitalitzacions que ha dut a terme la Subdirecció General de Coordinació Bibliotecària a biblioteques d'Instituts Escolars Històrics.
Aquests instituts de batxillerat oficialment es van crear el 1845, un per província, tret de Madrid, on se'n posen en funcionament dos: l'Institut de San Isidro i l'Institut del Cardenal Cisneros. El 1857, la Llei d'instrucció pública estableix la creació d'una biblioteca a cada institut d'ensenyament secundari.
Entre els materials que cal destacar es troben les col·leccions de plaques de llanterna de l'IES Cardenal Cisneros i les plaques de vidre procedents de diversos instituts (San Isidro, Cardenal Cisneros, el Greco, Isabel la Catòlica...). En aquesta col·lecció no s'han inclòs –perquè si no resultaria massa gran– tots els materials cartogràfics de la Biblioteca Virtual del Patrimoni Bibliogràfic. Aquests materials es poden trobar a la secció Cartoteca, accessible des de la pàgina de cerca.